Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 UNC13A-205ENST00000551649 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ORAI2-205ENST00000478730 5531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms