Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms