Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CTCFP49711 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CTCFP49711 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CTCFP49711 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CTCFP49711 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CTCFP49711 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CTCFP49711 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CTCFP49711 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CTCFP49711 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CTCFP49711 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CTCFP49711 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CTCFP49711 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CTCFP49711 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CTCFP49711 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CTCFP49711 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CTCFP49711 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CTCFP49711 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CTCFP49711 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CTCFP49711 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms