Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A1P12109 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms