Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VAMP4O75379 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
VAMP4O75379 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VAMP4O75379 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VAMP4O75379 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VAMP4O75379 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VAMP4O75379 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VAMP4O75379 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VAMP4O75379 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VAMP4O75379 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VAMP4O75379 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VAMP4O75379 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VAMP4O75379 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms