Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms