Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms