Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USP53Q70EK8 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms