Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC23.37■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
BRCA1P38398 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms