Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL3A1P02461 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms