Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP3Q9Y6I4 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms