Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.9 ms