Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52 ms