Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
HERPUD2Q9BSE4 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.6 ms