Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms