Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
NPHP3Q7Z494 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
NPHP3Q7Z494 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC26.14■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC26.14■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC26.14■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms