Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
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