Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SF3A1Q15459 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
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