Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRIM28Q13263 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRIM28Q13263 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRIM28Q13263 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRIM28Q13263 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
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