Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
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CHD3Q12873 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
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CHD3Q12873 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
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CHD3Q12873 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.23
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