Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A1P12109 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A1P12109 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A1P12109 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.6 ms