Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms