Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms