Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms