Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms