Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN9AQ15858 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms