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| CTXN3 | Q4LDR2 | HIGD1AP6-201 | ENST00000521833 | 279 nt | BASIC | 4.88 | □□□□□ -1.63 | | |
| CTXN3 | Q4LDR2 | NRG3-205 | ENST00000537893 | 1174 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.88 | □□□□□ -1.63 | | |
| CTXN3 | Q4LDR2 | LINC02384-206 | ENST00000541707 | 904 nt | TSL 3 BASIC | 4.88 | □□□□□ -1.63 | | |
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| CTXN3 | Q4LDR2 | AC006971.1-201 | ENST00000407916 | 4486 nt | BASIC | 4.87 | □□□□□ -1.63 | | |
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| CTXN3 | Q4LDR2 | AC107953.2-201 | ENST00000518362 | 1408 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.87 | □□□□□ -1.63 | | |
| CTXN3 | Q4LDR2 | MYBPC1-208 | ENST00000547405 | 3834 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 4.87 | □□□□□ -1.63 | | |
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| CTXN3 | Q4LDR2 | AP005901.5-201 | ENST00000545779 | 1796 nt | BASIC | 4.86 | □□□□□ -1.63 | | |
| CTXN3 | Q4LDR2 | AL445623.2-201 | ENST00000640307 | 4805 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.86 | □□□□□ -1.63 | | |
| CTXN3 | Q4LDR2 | BCLAF1P2-201 | ENST00000624956 | 2609 nt | BASIC | 4.86 | □□□□□ -1.63 | | |
| CTXN3 | Q4LDR2 | EYA4-202 | ENST00000355286 | 4317 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 4.86 | □□□□□ -1.63 | | |
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| CTXN3 | Q4LDR2 | SNORA70.2-201 | ENST00000364506 | 135 nt | BASIC | 4.86 | □□□□□ -1.63 | | |
| CTXN3 | Q4LDR2 | RNU6-413P-201 | ENST00000384115 | 107 nt | BASIC | 4.86 | □□□□□ -1.63 | | |
| CTXN3 | Q4LDR2 | RNU6-1151P-201 | ENST00000384684 | 107 nt | BASIC | 4.86 | □□□□□ -1.63 | | |
| CTXN3 | Q4LDR2 | AL049693.1-201 | ENST00000402760 | 611 nt | BASIC | 4.86 | □□□□□ -1.63 | | |
| CTXN3 | Q4LDR2 | AL080315.1-201 | ENST00000406055 | 466 nt | BASIC | 4.86 | □□□□□ -1.63 | | |