Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.31
ZNF541Q9H0D2 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms