Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms