Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SYNE3Q6ZMZ3 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms