Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms