Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms