Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms