Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms