Protein–RNA interactions for Protein: P02458

COL2A1, Collagen alpha-1(II) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,487 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL2A1P02458 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL2A1P02458 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL2A1P02458 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL2A1P02458 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL2A1P02458 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL2A1P02458 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL2A1P02458 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL2A1P02458 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms