Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms