Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms