Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms