Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.2 ms