Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CLN3Q13286 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CLN3Q13286 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
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