Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC25.81■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms