Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIG1P18858 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIG1P18858 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIG1P18858 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIG1P18858 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIG1P18858 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIG1P18858 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG1P18858 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG1P18858 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms