Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms