Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms