Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HLA-CQ95604 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HLA-CQ95604 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HLA-CQ95604 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HLA-CQ95604 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HLA-CQ95604 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HLA-CQ95604 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms