Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CHD3Q12873 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms