Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms