Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
MSX1P28360 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
MSX1P28360 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
MSX1P28360 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
MSX1P28360 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
MSX1P28360 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
MSX1P28360 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
MSX1P28360 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
MSX1P28360 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.45
MSX1P28360 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
MSX1P28360 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
MSX1P28360 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms