Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0E7

USP44, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 44, humanhuman

Predictions only

Length 712 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP44Q9H0E7 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP44Q9H0E7 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP44Q9H0E7 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms