Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC19■□□□□ 0.63
CCDC3Q9BQI4 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms